Además de la presencia física del P. Claret en Euskalerria hay que constatar su presencia espiritual. Primero sus relaciones con personalidades vascas de gran talla, como el venerable fray Esteban de Adoain, el ministro de Gracia y Justicia D. Lorenzo Arrazola, Doña Jacoba Balzola, los obispos Fernando Etxanobe y Cirilo Uriz y Labayru, fray Antonio de Galdácano, los jesuitas Manuel de Jauregi, Domingo Olaskoaga y Eugenio Labarta, las santas Vicenta María López y Bikuña y María Josefa Sancho de Guerra, etc.

En la bibliografía devocional euskérica hay una serie de obras que, traducidas del catalán o del castellano hicieron presente en Euskalerria al santo catalán: unas, viviendo él; otras, después de su muerte: Ceruraco zucena eta segurua, Mutilchoai beren animen oneraco, Anima baten iru egoerac, Cristau doctrina.

Uno de los dos milagros presentados para la canonización del P. Claret en 1950, fue el de la curación de doña María Etxabe, natural de Bilbao.

Su vida y su obra ha continuado con la fundación de comunidades claretianas en Euskalerria: Pamplona (1880), Balmaseda (1882), Bilbao (1986), Beire (1910), Tolosa (1914), Agurain (1918), Donostia (1920), Areeta (1942), Pamplona (1970), Gasteiz (1972), Leioa (1975), Getxo (1977) y la proyección misionera en el Norte de Potosí (Bolivia) desde el año 1974.

Hoy la presencia claretiana continúa en Alava, Bizkaia, Gipuzkoa y Nafarroa. Muchos han sido los claretianos nacidos en estos territorios que han llevado el celo misionero de Claret por todo el mundo: hermanos albañiles y carpinteros, predicadores, misioneros, músicos, euskerólogos, obispos,  hasta un cardenal (Arcadio María Larraona).